表位作图技术

氢氘交换 (HDX-MS)

HDX-MS测量蛋白质结构骨架中氢分子的可及性。在分析过程中，未结合的抗原和结合的抗体-抗原复合物都在氘 (D₂O) 水中孵育，以便将任何酰胺氢与来自蛋白质骨架暴露氨基酸的氘交换。然后可以使用高分辨率质谱法仔细确定这些氘分子在蛋白质序列上的位置。通过比较未结合的抗原与结合的抗体-抗原复合物，可以确定表位的残基。该技术需要仔细控制反应的温度、pH 值和时间。

HDX-MS 的其他应用通过 CovalX 的 HDX 分析利用高分辨率分子结构视图用于以下项目：

☛  生物仿制药表征

☛  高阶结构

☛  构象/蛋白质动力学

☛ 小分子相互作用

☛ 蛋白质-蛋白质相互作用

☛ 蛋白质折叠表征

交联耦合质谱 (XL-MS)

超大质谱仪首先用质量标记的化学交联剂结合抗体和抗原。接下来，使用高质量 MALDI 检测确认复合物的存在。由于在应用交联化学后，Ab/Ag 复合物非常稳定，因此可以将多种酶（五种并行使用）和消化条件应用于复合物以提供许多不同的重叠肽。这些肽的鉴定使用高分辨率 Orbitrap™ 质谱和 MS/MS 技术进行。使用连接到交联试剂的质量标签来确定交联肽的识别。使用特定相互作用软件进行 MS/MS 碎裂和数据分析后，在同一实验中确定表位和互补位。由于质谱检测的高灵敏度和准确度，需要的材料量非常少。

XL-MS 的其他应用：

☛  蛋白质-蛋白质相互作用

☛ 映射聚合

☛ 平行互补位映射分析

█ 其他技术

X射线共晶

X 射线共晶体学通常被认为是表位作图的“黄金标准”。如果成功，该技术可以提供高度可信的单一氨基酸分辨率，尽管可能会遗漏灵活的区域。然而，这种技术并不总是可行的，因为从蛋白质复合物中生成晶体往往很困难，而且在许多情况下是不可能的。这种不确定性通常会导致项目完成的时间表很长或不确定。在晶体形成复杂的情况下，可以绘制较小的蛋白质片段或修饰的蛋白质，这可能会引起修饰蛋白质时的关注。此外，X 射线分析需要大量蛋白质样品，而且完成一个项目通常需要大量成本。

肽扫描

在这种技术中，从抗原中产生了一系列重叠的肽。然后分析这些肽以查看它们是否会破坏抗体和抗原之间复合物的形成。这是最常见的技术之一，因为它的成本相对较低，并且能够快速分析大量抗体。该技术主要用于线性表位的分析。

诱变

使用这种技术，抗原的特定氨基酸残基发生突变或改变（通常为丙氨酸），并检测复合物的存在（通常使用荧光）。该技术提供了表位的高氨基酸分辨率；然而，产生突变可能是劳动密集型且缓慢的。为了优化该过程，可以使用计算机以库格式创建许多质粒克隆，以执行数据库的统计计算。

表位可以通过两个一般类别来定义，线性或构象。线性（或连续）表位由序列中的一段线性氨基酸组成，没有三维结构。构象表位是一种需要三级折叠才能产生适当结合区域的表位。

构象表位最常出现在氨基酸结合序列中具有断裂（不连续）的区域，需要折叠结构以使这些区域靠近。构象作图技术可用于鉴定线性或构象表位。然而，线性技术不能绘制构象表位。

根据所用技术的“分辨率”，识别的区域可以是单个氨基酸、氨基酸的小组或蛋白质的肽段。一般来说，更高分辨率的技术更复杂、更耗时，并且需要更多的材料/时间。

█ 服务优势

✔  是通过 MALDI 质谱仪快速而稳定地检测大分子和完整蛋白质复合物的能力。

✔  对于所有表位作图项目，首先筛选单个蛋白质以确认质量并检测显着的多聚化。然后检测完整的复合物，并在进行表位作图之前确定化学计量。

✔  快速筛选为我们的客户节省时间和金钱。