1、气路系统
气路必须保持良好的封闭性和管路内清洁：定期清洗。
注意：将气路连接的金属管接头拆下，将各管线小心取出，擦拭外壁灰尘后再用无水乙醇清洗内壁。
考虑样品分析过程中是否有其他不溶于乙醇的污染物：如有，可针对其溶解特性按照高沸点溶液优先原则选用合适溶液清洁。
阀的维护：气相色谱仪不使用时，应对稳压阀手柄进行放松调节，将针形阀拨到“开”的状态。
气路通气时：先将稳流阀阀针打开，从大流量开始调向所需流量。
使用转子流量计时保持气源清洁：皂膜流量计使用时要保持湿润、清洁状态。
2、进样系统
对进样口要用丙酮和蒸馏水定时清理，避免硅橡胶等微粒堵塞进样口。
定时更换玻璃衬管和进样垫，未用注射器进样时，不要推动柱塞，使用注射器前要用丙酮进行清洗，每次使用后也需要立即清洗。
3、分离系统
色谱柱是分离系统的核心部分，需要日常的维护和清理。
新买的色谱柱在使用前要检测其性能，装上后要进行老化。
使用完毕后要等柱温下降到50度以下再关机。
如果色谱柱暂不使用，要将其从色谱仪上卸下，填充柱两端用不锈钢螺帽套上， 毛细柱两端用硅胶垫扎一个小孔后套上，妥善封存于柱包装盒内避免污染。
4、检侧系统
噪声和鬼峰一般都是检测器上有污垢附着引起，对检测器的维护主要是清洗，但要根据说明书或在专业人员的指导下进行适当的清洗维护。