气相色谱仪由气路部分和电路部分组成,主要包括：气源、净化器、进样系统、分离系统、检测系统、数据处理系统。
气相色谱仪常出现的故障主要有气路污染、色谱柱污染、检测器污染等。
1、气路污染
原因：所用载气不纯、进入了不明性质样品
污染部位: 进样口（进样阀）、定量管、色谱柱、检测器
进样口(进样阀)、定量管的污染
症状：每次进样后,谱图固定位置出现杂峰。
排除方法:置换或清洗。
污染较轻：用氮气或空气吹扫30min或1h即可。
污染严重：需要进行清洗，注意各流路部分全部清洗彻底，掌握气路流程，根据气路流程具体情况逐个部位进样清洗，清洗到全部接点，以氮气为载气，用丙酮或乙醇做溶剂清洗，清洗后通载气或加温使溶剂全部挥发。
2、色谱柱污染：
症状：基线漂移、周期性出现未知峰或杂乱峰。
排除方法：
升温老化48h，分析组分无法正常分离时，是色谱柱分离效能下降或失效所致，需要活化或更换色谱柱，若柱温超过其Z高使用温度则会导致色谱柱毁坏。
3、检测器污染：
症状：噪音大、毛刺多等。
排除：清洗可分两种情况来进行。
污染较轻：可用一短的空柱连接进样口和检测器，从进样口进丙酮或乙醇在载气的带动下进行清洗；
污染严重：将检测器拆下，放在丙酮或乙醇中用毛刷或超声波进行彻底清洗，必须了解检测器构造，否则不能随便拆卸。清洗干净后，按拆卸的反顺序安装，安装时注意各部分之间是否吻合或短路，确认无误后方可通电。
载气流速、柱温的选择：
症状：馒头峰或脱尾峰，柱温越低(组分不液化的条件下)分离效果越好；
排除：根据具体情况选择合适载气流速；有些特殊结构的组分随柱温降低分离效果会降低(如，甲基乙炔与反丁烯在磷酸三丁酯分析柱上),所以在选择柱温时要考虑到所分析组分的性质。