液相色谱仪因其对沸点低的高分子化合物的精度较高，在生物医药行业有较为广泛的应用。用来分离生物分子的聚合柱长期使用会被污染，从而较低柱效，影响检测的速率和灵敏度。因此，须定期进行清洁。
聚合材料的化学稳定性通常以作用力来衡量。一般情况下，主要使用硝酸或氢氧化钠溶液来清洗。一些反相聚合色谱柱的清洗方法如用聚苯乙烯－二乙烯基苯小球和聚合单体，如CIM RP－SDVB片和Swift柱子，能耐宽的pH范围（通常pH11～13或有时pH0～14），但使用者用强有机溶剂冲洗柱子时要注意，由其交联度决定，当柱子用某些有机溶剂冲洗时就会膨胀或收缩。高于8～10%交联度的聚合物通常有较好的机械性能在水溶液中收缩很少，在有机溶剂中膨胀也不大。
再生聚苯乙烯－二乙烯基苯整体柱的方法如下：使用含0.1%三氟乙酸的2－丙醇在一半工作流速下冲洗10个柱体积以上；100%流动相B在工作流速一半的条件下冲洗5个柱体积以上；用100%流动相A在工作流速下至少平衡10个体积以上。
含有丁基和乙基化学物质甲基丙烯酸酯整体柱的清洗方法，清洗液相色谱硅胶键合反相柱上的蛋白质残留可以通过按顺序反向冲洗10个柱体积的氢氧化钠、水、20%乙醇溶液和工作缓冲液来清除。如果有很多疏水蛋白质，使用者应该在水以后插入一个30%异丙醇或70%乙醇的步骤。
如果要清洗或灭活微生物菌落，聚苯乙烯－二乙烯基苯可以用0.5～1.0M的氢氧化钠完全清洗。整体柱在室温下至少要用氢氧化钠洗一个小时。
用传统聚合基质装填的柱子来分离一些溶解度很小的蛋白质如膜蛋白、结构蛋白、和病毒外壳蛋白等需要用较强的清洗条件。例如含3M盐酸胍的50％异丙醇溶液在60℃才能把这些蛋白质除去。
在固相树脂中去除合成肽能产生重新激活被苯甲醚和苯硫基甲烷清除的正离子。清除正离子反应产生了大的芳香族分子，这些芳香族分子会在肽纯化时污染柱子。这种污染物在C18色谱柱子上有非常高的保留没法被100%的甲醇或乙晴洗出。要清洗这类柱子，必须把柱子反向用5体积100%异丙醇，三到五个体积二氯甲烷，然后三到五体积异丙醇，最后到初始溶剂系统。芳香族不纯物的洗脱可以通过260nm紫外检测。
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